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L'établissement de relations de parenté au niveau moléculaire


Les découvertes en biologie moléculaire ont permis de mieux comprendre les relations existant entre l'information génétique portée par la molécule d'ADN et la synthèse de protéines indispensables à l'organisation et au fonctionnement des organismes. L'étude de ces molécules a également permis d'établir des liens de parenté entres les êtres vivants.


Comment les données moléculaires permettent-elles d'établir une relation de parenté ?


1. Recherche d'homologies concernant la structure des protéines

Travaux pratiques :  comparaison entre la structure d'une protéine signal du rat (code pdb = 1ddv) et une transférase de l'homme (1b55)



2. Recherche d'états ancestraux et d'états dérivés

Pour ce faire, il est nécessaire d'aligner les séquences des protéines. Il existe différentes méthodes, selon que l'on connaisse ou non les séquences à aligner. Le site de SAS permet d'obtenir des alignements au format FASTA quand on a aucune idée des protéines recherchées. Le site de WORKBENCH utilise le module CLUSTALW pour aligner des séquences connues que l'on peut rechercher dans différentes bases de données.
- En utilisant le site SAS qui réalise des alignements au format FASTA
- En employant le logiciel CLUSTALW du site de WORKBENCH


3. Comparaison entre la composition de trois protéines homologues

Avec le logiciel "Protein Explorer", il est possible de colorier les acides aminés semblables, similaires et différents dans une structure en trois dimensions.
Voici un exemple avec les mêmes protéines (1ddv, 1i7a et 1egx). Visualisons cette comparaison.



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