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Insérer de nouveaux alignements dans le logiciel phylogène


Le logiciel phylogène contient de nombreux alignements de molécules protéiques confirmant les phylogénies établies par une étude cladistique de différents caractères dérivés.

Il est possible d'insérer de nouveaux alignements en fonction des besoins des professeurs. Par exemple dans les programmes de Terminale S, l'exemple des famille multigéniques peut être traité. Bien que Phylogène soit un logiciel pour établir des phylogénies, donc des relations de parenté entre différentes espèces, des familles multigéniques au sein d'une même espèce peuvent également être étudiées.

Nous traiterons ici l'exemple des différentes globines humaines

Comment réaliser le fichier globin.aln qui regroupe l'alignement suivant le format de ClustalV ?


1) Aller sur le site de WORKBENCH : http://workbench.sdsc.edu/

2) Si c'est votre premier accès il est nécessaire de s'enregistrer (c'est gratuit), entrer votre identifiant et votre mot de passe.

3) Cliquer sur "Session Tools" pour débuter une nouvelle session, puis sur NEW.

4) Donner un nom à votre session puis cliquer sur "Start Session" , vous avez maintenant une nouvelle session d'ouverte. Vous pourrez arrêter vos travaux momentanément, ils seront sauvegarder sur le serveur.

5) Cliquer sur "PROTEIN TOOLS" si vous voulez étudier des protéines.

6) Dans un premier temps il faut rechercher les différentes molécules a étudier dans différentes bases de données : pour cela cliquer sur "Ndjinm"

7) Il faut alors donner les éléments nécessaire à la recherche :

- Les mots clés (il est possible d'employer les booléens)
- Le nombre de réponses par pages
- Les bases de données mondiales dans lesquelles il faut rechercher. Je vous conseille "PROSITE et SWISSPROT".

8) Importer alors vos séquences cochées dans la page d'accueilen cliquant sur "Import Sequences", puis cliquez sur CLUSTALW pour les visualiser.

9) Cliquez sur "Submit" pour confirmer votre choix , cochez sur Run as a batch si vous pensez que la recherche sera longue, vous pourrez alors récupérer le résultat plus tard en cliquant sur batch ci-dessus.

10) Vous avez maintenant les différentes séquences alignées. Copier ces séquences avec l'entête dans le presse papier en faisant Edition Copier après les avoir sélectionnées.

11) Ouvrez NotePad (traitement de texte livré avec windows) et coller le texte dans ce fichier.

12) Enregistrer ce fichier sous en lui donnant un nom. L'extension ".txt" lui sera donné.

13) Renommer le fichier en lui changeant l'extension ".txt" en ".aln"

14) Vérifier que ce fichier est bien lu par Phylogene. Vous pouvez essayer avec le fichier globin.aln réalisé dans l'exemple ci-dessus.



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