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Étude des conséquences des mutations du gène de l'alphatrypsine


Première partie : travail sur Anagène

Ouvir le thème d'étude "POLYMORPHISME DES GÈNES" puis
"polymorphisme AT".

Il est alors possible de suivre la progression développée dans le manuel scolaire à la page 64.

Un autre exemple de démarche est donnée sur le site de l'académie de Besançon "étude du polymorphisme de l'alphatrypsine".

http://artic.ac-besancon.fr/svt/act_ped/svt_lyc/Po
lymor.htm



Deuxième partie : visualiser les différences à l'aide de Protéin Explorer

Pour voir la présentation de Protéine Explorer et comment télécharger le logiciel (version française), cliquez ici.

1) Ouvrir Protéin Explorer dans Netscape version 4.5 ou 4.7.

2) Charger le fichier de l'antitrypsine en entrant le code
1ezx.

L'alpha antitrypsine est une protéine fabriquée par le foie qui inhibe l'action d'enzymes qui hydrolysent les molécules de la matrice entourant les cellules.

3) La molécule est maintenant visible.

4) Masquer la molécule d'eau puis cliquer sur :
"Explorer Plus"

5) Développer le menu AFFICHER

6) Sélectionner SPHERE

7) Masquer l'eau de nouveau.

Vous devez obtenir la première représentation
ci-dessous :

- chaîne A de l'antitrypsine
- chaîne B de l'antitrypsine
- trypsine

8) Il faut maintenant colorer chaque acide aminé muté afin de le localiser par rapport au site actif de la molécule.
Pour cela, cliquer sur Exploration avancée puis sur Seq3D

9) Cette fenêtre permet de colorer n'importe lequel des acides aminés (résidus) de la structure 3D.
Il faut d'abord choisir la représentation en "sphères" puis "afficher l'élément cliqué".

10) Ensuite sélectionner l'acide aminé que vous voulez colorer pour le repérer sur la structure.

Attention : dans notre cas il y a un décalage entre le nombre d'acides aminés de la structure 3D et l'allèle tel qu'il est décrit dans le manuel scolaire page 64 (avant maturation) : il faut enlever 24 à la position citée dans le manuel.

Nous colorerons donc la valine 213 (et non 237).
Faire "fermer" puis "étude rapide" et "colorer" avec une couleur de votre choix.
Recommencer pour :
*la valine 264
( au lieu de 288)

*l'histidine 101
( au lieu de 125)

Ainsi la mutation en 237 apparaît en rouge, celle en 288 en violet et celle en 125 en jaune.

Ces mutations sont loin du site actif de la molécule. Elles ne perturbent pas son fonctionnement.

11) Essayons maintenant d'illustrer la mutation NULL1.

Pour cela sélectionnons dans Seq3D les résidus depuis 260 à la fin de la chaîne.

Ces résidus qui seront donc absents dans la chaîne sont colorés en orange. Tout le site actif de la protéine est touché. On comprend alors pourquoi l'enzyme devient inactive et ne reconnaît plus son substrat.



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