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Méthode pour aligner des séquences de protéines
Utilisation du logiciel CLUSTALW du site de WORKBENCH


L'objectif est de rechercher et comparer les alignements de différentes globines de vertébrés.


Nous traiterons ici l'exemple des différentes globines bêta de différents vertébrés.

Le protocole suivant explique comment réaliser le fichier "globin_b.aln" qui regroupe l'alignement suivant le format de Clustalw :

1) Aller sur le site de WORKBENCH http://workbench.sdsc.edu/.
2) Lors du premier accès, il est nécessaire de s'enregistrer (c'est gratuit), d'entrer un identifiant et un mot de passe.
3) Cliquer sur "Session Tools" pour débuter une nouvelle session puis sur NEW.

4) Donner un nom à la session puis cliquer sur "Start Session" : vous avez maintenant une nouvelle session ouverte. Cela permet d'arrêter le travail momentanément, les données étant sauvegardées sur le serveur.

5) Cliquer sur "PROTEIN TOOLS" si l'on souhaite étudier des protéines.

6) Dans un premier temps, il faut rechercher les différentes molécules à étudier dans les différentes bases de données. Pour cela, cliquer sur "Ndjinm".

7) Il faut alors donner les éléments nécessaire à la recherche :

- les mots clés (il est possible d'employer les booléens);
- le nombre de réponses par pages;
- les bases de données mondiales dans lesquelles il faut rechercher ("PROSITE et SWISSPROT" conseillées).

8) Importer alors les séquences cochées dans la page d'accueil, en cliquant sur "Import Sequences", puis cliquer sur "CLUSTALW" pour les visualiser.

9) Cocher les séquences intéressantes à retenir pour l'alignement.

10) Cliquer alors sur "CLUSTALW".

11) Cliquer sur "Submit" pour confirmer le choix. (Cocher "Run as batch" si la recherche est longue, afin de récupérer le résultat plus tard en cliquant sur batch). Si l'on souhaite les deux types d'arbre, enraciné ou non, sélectionner "Rooted and Unrooted Trees".

12) Les différentes séquences alignées sont disponibles. Copier ces séquences avec l'entête dans le presse papier en faisant Édition Copier après les avoir sélectionnées.

13) Sélectionner tout le texte puis faire Édition Copier. Ouvrir NotePad (traitement de texte livré avec Windows) et coller le texte dans ce fichier.

14) Enregistrer ce fichier sous, en lui donnant un nom. L'extension ".txt" lui sera donnée.

15) Renommer le fichier en changeant l'extension ".txt" en ".aln".

16) Vérifier que ce fichier est bien lu par "Phylogene". Essayer avec le fichier "globin_b.aln" réalisé dans l'exemple ci-dessus.

17) CLUSTALW fournit également directement les arbres non enracinés et enracinés visibles ci-dessous:

18) Faire le commentaire avec les élèves.



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