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Méthode pour aligner des séquences de protéines
Utilisation du site SAS qui réalise des alignements au format FASTA


L'objectif est de rechercher les séquences les plus proches d'une protéine.

Nous traiterons ici l'exemple de la protéine signal 1ddv du rat.

La comparaison de la séquence d'une protéine avec d'autres séquences révèle des portions de séquences identiques. Il est possible de les aligner.
Le site PDBsum (http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html) permet de rechercher les séquences proches d'une protéine donnée. Il réalise automatiquement l'alignement de séquences présentes dans la base de données PDB.

a) Cliquer sur PDBsum pour rechercher la molécule sur internet.

b) Entrer le code PDB de la molécule (ici 1ddv).

c) Cliquer sur SAS pour accéder au logiciel de réalisation d'alignement en ligne.

d) Paramétrer la fenêtre du haut.

e) Cliquer sur UPDATE pour observer l'alignement obtenu.



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