Les sites présentant des bases de données sur les molécules

• Les molécules de la chimie organique

• Organic Chemistry : site présentant la structure des molécules organiques, en cinq modules :
  - la librairie structurale d'une cinquantaine de molécules organiques avec les spectres de RMN;
  - structure et liaisons, descriptions et exercices sur les principes de base de la chimie organique;
  - didacticiel sur la spectroscopie IR, RMN et de masse avec des exercices interactifs et un"quiz";
  - didacticiel sur la stéréochimie;
  - les groupes fonctionnels.

• Mole4D : molecules in four dimension http://www.cmbi.kun.nl/wetche/organic/.
  Ce site présente également une démarche pédagogique sur la structure des molécules organiques avec de nombreux exemples.

• Présentation d'un grand nombre de molécules organiques sur un site japonais.
  http://triton.ps.toyaku.ac.jp/%7Edobashi/database/indexe.html. Ce site présente de nombreuses molécules classées par ordre alphabétique, avec un environnement permettant d'utiliser rapidement quelques options de Chime.

• Site présentant de nombreuses structures de molécules organiques classées par familles (alcanes, alcènes, alcool, amines...)
  http://www.sci.ouc.bc.ca/chem/molecule/molecule.htm
  
  

• Les molécules de la biochimie

• Site présentant l'ensemble des molécules de la banque de données de PDB

La liste de molécules de ce site est très longue. Pour rechercher une molécule, il est utile d'utiliser la fonction "rechercher" dans cette page du menu édition de votre navigateur.

En cliquant sur le code PDB de la protéine, il est possible d'obtenir sa description avec de nombreux liens sur des modèles en 3D, sur des images GIF, sur des descriptions de fichiers pdf ...

Ce site est intéressant pour le professeur de SVT pour trouver des illustrations de certaines molécules, comme par exemple pour illustrer les complexes enzymes substrats, l'association entre l'ARN de transfert, son acide aminé et la peptide synthétase ... Dans de nombreux cas, un scénario est juxtaposé à l'étude de la protéine, montrant bien la configuration spatiale du site actif. Les scripts de molécules en 3D sont téléchargeables et réutilisables hors ligne.

• Comment utiliser la base de données pour rechercher une molécule PDB, son code et directement l'étudier avec les outils ?

• Rechercher et noter les codes des molécules concernées
  - à l'aide de "rechercher dans cette page" du menu édition du navigateur sur la librairie d'IMB
  - à l'aide du moteur de recherche http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
• Cliquer sur l'un d'entre eux, en bleu,
  - à partir d'IMB pour avoir accès au descriptif complet de la molécule : origine, rôle, espèce, séquence, groupe de l'hétéroprotéine (=ligand), autre ...
  - à partir du moteur de recherche, vous avez accès à une page qui vous dirige vers les utilitaires dont certains sont décrits plus loin.
• Ces nouvelles pages donnent accès aux différents modes de visualisation et aux scénarios, ainsi qu'à des possibilités de télechargement des différentes molécules.

Pour essayer, voici quelques mots clefs que vous pouvez entrer dans le moteur http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html

• carboxypeptidase pour obtenir les carboxypeptidases,
• carboxy vous donnera en plus les oxydases et autres occurences où le groupe de lettres est rencontré,
• TRNA synthet renverra aux enzymes fixant l'aminoacyl sur l'ARNt,
• "succinate decarboxylase" donnera précisemment la succinate decarboxylase,
• amylase + human + pancreas donnera les codes où les trois mots sont rencontrés dans la description.

En cliquant de la page PDBsum sur les outils de la colonne de droite, vous avez directement accès à ces outils.

1aqh : c'est le code pdb de la molécule.
PDB : envoie à la page de traitement de la molécule du site de PDB. À utiliser notamment pour télécharger la structure de la molécule sur le disque dur.
OCA : autre description avec parfois des scripts originaux sur la molécule. Présente également un bon moteur de recherche de molécule.
NCBI : renvoie à la page du NCBI (National center of biotechnology information), où les articles de recherche sur la molécule sont précisés.
IMB : Jena Image Librairy of Biological Macromolécules. Sur ce site la molécule sélectionnée apparaîtra accompagnée d'un environnement précisant les interactions du site actif.
STING : permet d'étudier la molécule à partir de la séquence des acides aminés, de repérer sur la représentation de chime la place de chacun d'entre eux et donc le rôle par rapport au site actif, mais aussi dans la structure en ruban ou en hélice.
Les autres sites sont plus spécialisés et offrent moins d'intérêt aux professeurs du secondaire.

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