Les logiciels de visualisations des molécules

 

• Chime

Pour visualiser les molécules dans un navigateur, il est nécessaire d'ajouter un module (plug-in) à Internet Explorer 4 et sup et à Netscape 4.5 et sup. Il vaut mieux utiliser Netscape pour de nombreux scripts car ils fonctionnent mal avec Internet Explorer.

 

• Sting

Sting est un logiciel de visualisation utilisable en ligne et montrant à la fois la structure tridimensionnelle et la séquence des acides aminés dans une protéine. On peut ainsi repérer ceux qui appartiennent au site actif. Comme il a été dit ci-dessus, on peut l'appeler à partir de la page de PDBsum après avoir entré le code de la molécule. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
Une version pouvant travailler localement est disponible mais payante à partir du site.
Une nouvelle version "Sting millenium" plus performante est également disponible.

 

• Protein Explorer (d'Éric Martz)

Voir la page d'accueil de Protein explorer
http://www.umass.edu/microbio/chime/explorer/index.htm.

Ce logiciel, téléchargeable et instalable en local permet de visualiser la structure et la séquence des macromolécules et leurs interactions. Il suffit de repérer le code PDB de la molécule.

 

 

 

 

 

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