Les logiciels de visualisations des molécules
• Chime
Pour visualiser les molécules dans un navigateur, il est nécessaire d'ajouter un module (plug-in) à Internet Explorer 4 et sup et à Netscape 4.5 et sup. Il vaut mieux utiliser Netscape pour de nombreux scripts car ils fonctionnent mal avec Internet Explorer.
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Télécharger Chime.
Pour réaliser le téléchargement, il est nécessaire de s'enregistrer.
Sur le site il est également possible de télécharger un tutorial. -
Télécharger le tutorial de Chime en français http://www.inrp.fr/Accès/Biogeo/model3d/chimdata/tutoriel/index.htm.
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Télécharger le tutorial de Chime en anglais
http://stingray.bio.cmu.edu/~rule/chime_tut/chime.html.
• Sting
Sting est un logiciel de visualisation utilisable en ligne et montrant à la fois la structure tridimensionnelle et la séquence des acides aminés dans une protéine. On peut ainsi repérer ceux qui appartiennent au site actif. Comme il a été dit ci-dessus, on peut l'appeler à partir de la page de PDBsum après avoir entré le code de la molécule. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html
Une version pouvant travailler localement est disponible mais payante à partir du site.
Une nouvelle version "Sting millenium" plus performante est également disponible.
• Protein Explorer (d'Éric Martz)
Voir la page d'accueil de Protein explorer
http://www.umass.edu/microbio/chime/explorer/index.htm.Ce logiciel, téléchargeable et instalable en local permet de visualiser la structure et la séquence des macromolécules et leurs interactions. Il suffit de repérer le code PDB de la molécule.
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